במהלך תהליך העיבוד של מחרטות CNC, אם שיטת הפעולה אינה נכונה או איכות המחרטה עצמה אינה עומדת בתקן, צפויות להתרחש בעיות. בשל גורמים שונים, גם עיבוד CNC חשוף לתקלות. בהתבסס על זה, הבעיות הנפוצות והפתרונות שלהן בעיבוד מחרטות CNC מוצגות בעיקר, בתקווה לספק חוות דעת לנזקקים.
בגלל ההבדלים בכלי מכונות, חומרים, שיטות חיתוך, כלי חיתוך והגדרות פרמטרים, בדיוק בגלל הבדלים אלו יש צורך לבצע עיבוד CNC ברמה מסוימת. בין אם זה בעיבוד שבבי או בתכנות, זה ייקח הרבה זמן להשלים; אז איך עלינו להבחין בין שלבי עיבוד? זה מצריך תשומת לב לפריסה וליכולת העיבוד של החלקים, כמו גם לתפקודים של כלי המכונה, ולכמות עיבוד חלקי CNC, תדירות ההתקנה וסידור הייצור שיש לתפוס באופן סביר וליישם ברגישות. אם יש לאמץ את העיקרון של תהליכים מרוכזים או מפוזרים, יש לקבוע אותו בהתאם למצב בפועל ולהיות סביר.
ישנן גם דרכים מסוימות להבחין בתהליכים של עיבוד מחרטות CNC. ראשית, מאמצים את שיטת המיון הריכוזי בכלי, כלומר יש להבחין בין התהליכים לפי הכלים בהם נעשה שימוש. יש להשתמש באותו כלי להשלמת כל החלקים שניתן להשלים. בעת שימוש בכלי השני או השלישי, ניתן לעבד את כל החלקים על החלקים. כך לא רק ניתן לצמצם את בעיית החלפת הכלים, אלא גם לקצר את זמן הבטלה. היתרון הגדול יותר הוא שהוא יכול להפחית שגיאות מיקום מיותרות רבות. הבא היא שיטת מיון חלקי עיבוד, המתייחסת לחלקים בעלי תוכן עיבוד רב יותר. שיטת מיון זו מחלקת את חלק העיבוד למספר חלקים על פי מאפייני הפריסה שלו, כגון צורה פנימית, צורה חיצונית, משטח מעוקל, משטח שטוח וכו'. באופן כללי, יש לעבד תחילה את המשטח השטוח, לאחר מכן את משטח המיקום, וכן סוף סוף עיבוד החורים. כלומר, יש צורך בעיבוד של צורות גיאומטריות פשוטות תחילה, ולאחר מכן ניתן לעבד צורות גיאומטריות מורכבות.
ישנם גם חלקים בעלי דיוק נמוך יותר שצריך לעבד תחילה, ולאחר מכן ניתן לעבד חלקים עם דרישות דיוק גבוהות יותר;, לבסוף, יש את שיטת המיון בעיבוד גס ועדין, המשמשת בעיקר לסיווג חלקים המועדים לעיוותים במהלך עיבוד שבבי. שיטת מיון זו נובעת מכך שעיבוד מחרטות CNC עלול לגרום לעיוות לאחר עיבוד גס, ודורש את השלב של תיקון הצורה. לכן, אם יש לבצע עיבוד גס ועדין של חלקים, יש להפריד תהליך זה.